Gmsh4网格文件格式说明

Posted by Yi Zhang on November 15, 2018

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Gmsh是一个跨平台三维有限元网络生成与可视化软件。我们可以使用它进行三维有限元网络的前(建模)后(可视化)处理。期间需要使用到的文件即为其网格文件(后缀为.msh),建模中使用的文件格式为.geo文件,其具体格式请参见Gmsh说明文档。Gmsh网格文件主要包含对三维网络中顶点(Nodes)、几何元素(Elements)、顶点数据(NodeData)、和元素数据(ElementData)的描述。同时还可以包含对几何元素或物理元素组的定义。Gmsh定义的网络文件格式分为相对较为简单的2.0版本和Gmsh4开始使用的4.0版本。本文主要包含对Gmsh说明文档中两个版本网络文件格式部分的翻译说明,以及简单的示例文件。本文所设计的网络文件均为ASCII码文件,相应的二进制文件格式请参见Gmsh说明文档。

Gmsh2网格文件格式

文件预览

我们首先给出一个Gmsh2版本的四方体网格文件(cube.msh),使用Gmsh查看如下所示:

cube mesh display

使用文本编辑器打开cube.msh,内容如下所示:

$MeshFormat
2.2 0 8
$EndMeshFormat
$Nodes
8
1 0.0 0.0 0.0
2 1.0 0.0 0.0
3 1.0 1.0 0.0
4 0.0 1.0 0.0
5 0.0 0.0 1.0
6 1.0 0.0 1.0
7 1.0 1.0 1.0
8 0.0 1.0 1.0
$EndNodes
$Elements
1
1 5 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8
$EndElements
$NodeData
1
"node data"
1
0.0
3
0
1
8
1 0.1
2 0.1
3 0.1
4 0.1
5 1.0
6 1.0
7 1.0
8 1.0
$EndNodeData
$ElementData
1
"element data"
1
0.0
3
0
1
1
1 2
$EndElementData

格式说明

  • $MeshFormat$EndMeshFormat关键字其间定义了网络文件的版本(2.2)与必要信息,包括文件类型(对于ASCII码文件,其值为0)和浮点类型长度值(一般为8)。

  • $Nodes$EndNodes关键字内包含网络文件的顶点信息。第一行为顶点的总个数。其后每一行为顶点的序号和直角坐标,以空格分割。顶点的序号是识别顶点的唯一指标,可以从0或1开始,也可以不连续(但可能会增加电脑内存的开销)。对于两个坐标相同但序号不同的顶点,Gmsh将视为两个独立的顶点。

  • $Elements$EndElements关键字内包含几何元素信息。第一行为元素的总个数。其后每一行为对单个元素的信息描述,格式为<元素序号> <元素类型> <标签数> <标签1> ... <顶点序号列表>

  • <元素序号>为元素的识别标示,可以从0或1开始,也可以不连续(但可能会增加电脑内存的开销)。
  • <元素类型>为Gmsh预定义用于识别元素类型的一个整数,例如立方体对应代码为5(其他类型元素的代码请参见Gmsh说明文档)。
  • <标签数>标示其后跟随的元素标签的个数。Gmsh预定义元素的第一个标签为其所属的物理组,第二个标签为其所属的几何组。示例中四方体有一个标签,标签代码为10。对于更复杂的网格文件我们可以对元素归类到不同物理或几何组,Gmsh将使用不同的颜色显示不同组别,方便我们查看网络文件。
  • <顶点序号列表>为组成元素的顶点集,对应于$Nodes标签中对应的顶点序号。注意元素的顶点序列排列顺序应符合Gmsh预定义的顺序。

  • $NodeData$EndNodeData(可选的)关键字内包含对顶点数据集的描述。从上至下依次为字符串标签的数量与字符串标签,Gmsh默认使用第一个字符串标签为数据集的名称;其下为浮点标签的个数与浮点标签,表示该数据集对应的时间;然后为整形标签个数与整形标签,分别为数据集的时间序列号(从0开始)、数据集场的分量个数(等于1、3或者9)以及数据点个数。头信息后,每一行包含<顶点序号> <数据值>

cube node data

  • $ELementData$EndELementData(可选的)关键字内包含对元素数据集的描述。其头信息格式与顶点数据相同,只是其后数据列中的序号为元素的序号。

cube ele data

Gmsh4网格文件格式

文件预览

我们还是先给出一个Gmsh4版本的四方体网格文件(cube-gmsh4.msh),使用文本编辑器打开cube-gmsh4.msh,内容如下所示:

$MeshFormat
4.0 0 8
$EndMeshFormat
$Entities
8 12 6 1
1 0 0 0 0 0 0 0
2 1 0 0 1 0 0 0
3 1 1 0 1 1 0 0
4 0 1 1 0 1 1 0
5 0 0 1 0 0 1 0
6 1 0 1 1 0 1 0
7 1 1 1 1 1 1 0
8 0 1 1 0 1 1 0
1 0 0 0 1 0 0 0 2 1 -2
2 1 0 0 1 1 0 0 2 2 -3
3 0 1 0 1 1 0 0 2 3 -4
4 0 0 0 0 1 0 0 2 4 -1
5 0 0 1 1 0 1 0 2 5 -6
6 1 0 1 1 1 1 0 2 6 -7
7 0 1 1 1 1 1 0 2 7 -8
8 0 0 1 0 1 1 0 2 8 -5
9 0 0 0 0 0 1 0 2 1 -5
10 1 0 0 1 0 1 0 2 2 -6
11 1 1 0 1 1 1 0 2 3 -7
12 0 1 0 0 1 1 0 2 4 -8
1 0 0 0 1 1 0 0 4 -1 -2 -3 -4
2 0 0 1 1 1 1 0 4 5 6 7 8
3 0 0 0 1 0 1 0 4 -9 1 10 -5
4 1 0 0 1 1 1 0 4 -10 2 11 -6
5 0 1 0 1 1 1 0 4 12 -7 -11 3
6 0 0 0 0 1 1 0 4 9 -8 -12 4
1 0 0 0 1 1 1 0 6 1 2 3 4 5 6
$EndEntities
$Nodes
1 8
1 3 0 8
1 0.0 0.0 0.0
2 1.0 0.0 0.0
3 1.0 1.0 0.0
4 0.0 1.0 0.0
5 0.0 0.0 1.0
6 1.0 0.0 1.0
7 1.0 1.0 1.0
8 0.0 1.0 1.0
$EndNodes
$Elements
1 1
1 3 5 1
1 1 2 3 4 5 6 7 8
$EndElements
$NodeData
1
"node data"
1
0.0
3
0
1
8
1 0.1
2 0.1
3 0.1
4 0.1
5 1.0
6 1.0
7 1.0
8 1.0
$EndNodeData
$ElementData
1
"element data"
1
0.0
3
0
1
1
1 2
$EndElementData

对应Gmsh2的文件格式,可以发现主要存在以下几点变化:

  • 网络文件版本号由2.2变为4.0;
  • 增加了$Entities关键字;
  • 更改了$Nodes$Elements内格式。

下面我们就后两点变化进行说明。

格式说明

  • Gmsh4在网络文件中增加了$Entities$EndEntities关键字(不可选)用于说明网络文件中的实体范围(超出这个范围的输出将不被承认)。实体的空间维度由低向高产生依赖,所以对于一个三维实体范围我们必须定义实体点与面的范围定义。下面就其格式做具体说明:
  • 第一行为实体点、线、面和体的个数,对于一个四面体其值分别为8、12、6和1;
  • 实体点的描述,其格式为<序号> <盒子左下底角坐标> <盒子右上顶角坐标> <物理标签个数> <物理标签> ...。这个我们举出了盒子的概念,指的是能够包含所描述实体的一个四方体的范围。对于一个点而言,这个盒子的最小范围即为其坐标位置本身;
  • 实体线的描述,其格式为<序号> <盒子左下底角坐标> <盒子右上顶角坐标> <物理标签个数> <物理标签> ... <包含的实体点个数> <实体点序号列表>。相对于实体点,线描述所增加的内容对线构成的描述。即一条直线由其两个顶点的序号所描述,注意正的序号为起点,负的序号为终点;
  • 实体面的描述,其格式为<序号> <盒子左下底角坐标> <盒子右上顶角坐标> <物理标签个数> <物理标签> ... <包含的实体线个数> <实体线序号列表>。注意实体面包含的线序号需要首尾相接,Gmsh默认按照逆时针方向计算面的外法线方向。负的序号标示反向的线;
  • 实体的描述,其格式为<序号> <盒子左下底角坐标> <盒子右上顶角坐标> <物理标签个数> <物理标签> ... <包含的实体面个数> <实体面序号列表>。注意面的外法线方向朝向实体外部。
  • Gmsh4在$Nodes中增加了分块的概念,其具体格式为:
  • 第一行为块的个数与总的顶点个数,以下为每个块的内容;
  • 在每个块中,第一行为块的序号、块所属的空间维度、参数化值(一般为0)和当前块的顶点数,其后为顶点的序号和空间坐标位置。
  • 相应的,$Elements中也增加了分块的概念,其具体格式为:
  • 第一行为块的个数与总的元素个数,以下为每个块的内容;
  • 在每个块中,第一行为块的序号、块所属的空间维度、块的元素类型和当前块的元素数,其后为元素的序号和组成元素的顶点序号。可以注意到,对于每一个块,其包含的元素类型应该是一致的。